根據《衛報》的報導，澳洲計劃建立的核潛艇艦隊所產生的核廢料問題引起了廣泛的關注。文章指出，根據協議，澳洲在這些潛艇退役後，將對產生的核廢料負全責，這可能在未來造成嚴重的環境問題。根據 AUKUS 協議，澳洲將獲得大約八艘使用高濃縮鈾作為燃料的核動力潛艇。這項決定旨在使潛艇在其預定的使用壽命內能夠長時間運行而無需加油。然而，這種高濃縮鈾通常被視為「軍事級別」，在理論上可用於製造核彈頭。
關於廢料的數量，澳洲政府發布的資訊自由法 (FOI) 文件解釋到，每個反應堆艙室及其組件的大小「大約相當於一輛四驅車」。這類組件通常被分類為中等水平的放射性廢料，雖然仍然危險，但相對較容易屏蔽和儲存。文件還指出，使用過的核燃料「大約相當於一輛小型掀背車」，這類廢料主要屬於高水平廢料，這是那些在數十萬年內仍保持放射性的危險物質。不過，具體的高水平廢料數量是官方機密。
這類燃料所產生的廢料不僅放射性極高，而且退役後將在數千年間保持這種性質。這些廢料被稱為高水平廢料 (HLW)，需要安全和穩妥的儲存，以防止對環境的傷害，同時避免潛在的盜竊和用作核武器的風險。需要注意的是，絕大多數核電廠的廢料通常屬於低水平廢料 (LLW) 或中等水平廢料 (ILW)，這些廢料包括土壤、碎石、廢金屬、紙張和使用過的防護服等物品，以及來自反應堆的石墨塊等組件。這類廢料一般可以輕易處理和儲存，通常只需儲存於填充水泥的特製桶或箱子中，這些可以安全地置於地面上。
人們真正擔心的是體積非常小但卻會產生大量熱量和輻射的高危廢料，這些廢料需要在數十年內進行主動冷卻和屏蔽。根據《衛報》的報導，該條約明確將這項責任落在澳洲身上，無論是儲存、安全保障，還是最終處置，這些都是澳洲的責任，且無法將廢料輸出至其他國家。批評者指出，這種責任與時間框架之間的矛盾非常嚴重，因為環境風險與國內政治周期的時間不匹配。政治決策通常基於四至五年的周期，但廢料的危險性卻持續數十萬年。批評者表示，這種情況實際上是在將問題推給未來世代。
至今，尚未為 AUKUS 廢料找到明確的儲存地點，且也未進行任何成本估算。政府對未來的計劃顯得尤其模糊。其他國家，如英國和美國，對於現有及退役的核動力海軍資產也尚未找到永久解決方案。英國目前仍有 23 艘退役潛艇停在碼頭，而美國則在華盛頓州的開放溝渠中保留超過 100 個退役反應堆。相較之下，澳洲目前根本沒有任何高水平核廢料的儲存設施。《衛報》指出，芬蘭是唯一一個實際上正在建設永久深地質儲存庫的國家，而他們花費了超過 40 年的時間才取得目前的進展。除了成本和安全風險外，部分人還認為此協議是擴大澳洲核能力的隱性途徑，可能帶來的環境和地緣政治風險將遠超潛艇本身的任何好處。
